Trabzonspor'un renkleri koyu bordo ve açık mavidir. 

Trabzonspor'un kuruluş aşamasındaki en önemli sorunlardan biri de renklerdi. Takımın iskeletini teşkil eden; İdmanocağı ve İdmangücü takımları, takıma kendi renklerinin verilmesini istedi. Hatta 1966'da İdmanocağı'nın önderliğinde kurulan ve Danıştay kararıyla feshedilen Trabzonspor 1966'ya kırmızı-beyaz renkler verilmişti. Ancak; bu iki takımın (İdmanocağı ve İdmangücü) birleşmeye karar verilmesiyle, yeni renkler bulma gereksinimi doğdu ve bordo-mavi renklere karar kılındı. 

Trabzonspor'un renklerini; Trabzon'un simgesi olan hamsinin gözünün bordomsu duruşu ve teninin mavimsi grisinden aldığı veya iki takımın (İdmangücü ve İdmanocağı) birer renk seçmesiyle aldığı gibi iddialar olsa da; Trabzonspor renklerini, kurulduğu dönemde İngiltere'nin en başarılı takımlardan biri olan Aston Villa'dan aldı. Eski Kulüp Başkanı Şamil Ekinci, İngiltere'den gelirken; Aston Villa'nın formalarını getirmiş ve Trabzonspor ilk yıllarında Aston Villa'nın Trabzonspor Logosu takılmış formalarıyla mücadele etmiştir. Bundan dolayı, Trabzonspor'un renklerinden olan mavi, açık mavidir. Bunun sonucu olarak, bir dönem formaların koyu mavi ile tasarlanması; bazı kesimlerin tepkisine neden olmuştur. 

Trabzonspor 2010'a dek alternatif renk olarak turuncuyu kullanmıştır. Ancak 2010 yılında alınan bir kararla, hamsi rengi olan grinin ikincil (alternatif) renk olarak kullanılmasına karar verilmiştir.